قطارهای که در ساعات بهره برداری فعال هستند تقریبا روزانه حدود 500 کیلومتر مسیر را طی می کنند . با توجه به این میزان طی مسیر، قطارها نیاز به نگهداری، تعمیرات و رفع عیب دارند.
هر قطاری که ابتدای صبح وارد خط می شود دارای مجوز سیر می باشد. به این معنی که قطار به لحاظ فنی در درجه اول ایمن است و در درجه دوم اینکه ایراد خاصی ندارد و می تواند بدون مشکل خدماتش را به شهروندان ارائه نماید.
پیمانکاران مربوطه در حین بهره برداری عملکرد کلیه تجهیزات و سیستم های قطار را بصورت میدانی مورد بررسی قرار داده تا از نحوه عملکرد آن اطمینان حاصل نمایند.
در پایان بهره برداری و بصورت روزانه کلیه قطارها مورد بررسی و بازدید قرار می گیرند.در تمام مدت زمان بهره برداری همیشه قطار رزرو در اختیار واحد سیر و حرکت می باشد تا در صورت بروز هرگونه مشکل سریعا قطار مورد نظر از خط خارج شده و قطار رزرو جایگزین آن گردد تا اختلالی در خدمت رسانی به شهروندان محترم ایجاد نگردد.
ماهیانه نزدیک به 350 عملیات تعمیر و نگهداری قطارها به صورت دوره ای و منظم در راستای ارائه خدمات مطلوب به شهروندان در شرکت مترو منطقه اصفهان صورت می گیرد. همچنین در کنار نگهداری و تعمیرات قطارهای مسافری، عملیات نگهداری و تعمیرات سایر تجهیزات مربوط به ناوگان حمل و نقل شرکت مترو منطقه اصفهان بصورت مرتب و دقیق انجام می پذیرد.
نظافت داخلی قطارها بصورت روزانه انجام می پذیرد. همچنین شستشوی قطارها معمولا بصورت هفتگی و با استفاده از دستگاه کاملا اتوماتیک انجام می شود.